Seminár z teoretickej informatiky - Marcel Kucharík (27.11.2015)

v piatok 27.11.2015 o 11:00 hod. v miestnosti M/213

---

Prednášajúci: Marcel Kucharík

Názov: Dynamika skladania RNA pomocou Basin Hopping grafov

Termín: 27.11.2015, 11:00 hod., M/213

Abstrakt:
RNA molekula sa, na rozdiel od DNA, viaže sama na seba a tým môže vytvoriť nesmierne množstvo rôznych štruktúr. Navyše, RNA v bunke môže meniť svoju štruktúru v závislosti od rôznych vplyvov - času, teploty, koncentrácie iónov, a pod. Keďže funkcia RNA závisí od jej štruktúry, našim cieľom je študovať celý dynamický proces skladania RNA až do jeho ustálenia. V prvej polovici seminára si zadefinujeme štruktúry RNA a povieme si ako nájsť najstabilnejšiu z nich. Ďalej si spravíme matematický model pre všetky štruktúry, ktoré vie jedna RNA sekvencia zaujať - tzv. RNA energy landscape a pomocou Markovovských procesov vypočítame pravdepodobnostné rozdelenie štruktúr v čase. Keďže počet rôznych štruktúr rastie exponenciálne od dĺžky sekvencie, v druhej polovici sa budeme zaoberať možnými redukciami počtu stavov. Jednou z nich je redukcia pomocou Basin Hopping grafu, kde si ukážeme, čo to je a ako sa taký graf dá zostrojiť. Nakoniec, ak zostane čas, si povieme niečo o pseudouzloch v RNA a ako nimi rozšíriť predošlé algoritmy.

web:  http://kedrigern.dcs.fmph.uniba.sk/STI2
rss:  http://kedrigern.dcs.fmph.uniba.sk/STI2/rss.php

 

 

 

---