Potvrdili sme prítomnosť nového britského kmeňa SARS-CoV-2 na Slovensku
V Bratislave, 04.01.2021. Výskumná skupina výpočtovej biológie FMFI UK (doc. Broňa Brejová a doc. Tomáš Vinař) pomohla v spolupráci so skupinou Dr. Borisa Klempu z Virologického ústavu SAV a prof. Jozefa Noseka z Prírodovedeckej fakulty UK potvrdiť prítomnosť nového britského kmeňa na Slovensku.
Výskumná skupina výpočtovej biológie dlhodobo spolupracuje na sekvenovaní DNA a RNA pomocou vreckových sekvenačných prístrojov MinION a vyvíja aj softvérové nástroje pre analýzu dát z týchto prístrojov. “Na sekvenovaní vzoriek SARS-CoV-2 spolupracujeme už od leta, momentálne sme jedinou skupinou, ktorá prispieva do medzinárodnej databázy GISAID sekvenciami slovenských vzoriek SARS-CoV-2,” hovorí doc. Tomáš Vinař. “Naša práca má však veľmi ďaleko od systematického monitorovania stavu epidémie, jednoznačným lídrom v tejto oblasti je Veľká Británia, kde do dnešného dňa osekvenovali vyše 170 tisíc vzoriek (u nás je to zatiaľ menej ako 50). Systematické monitorovanie prevalencie rôznych kmeňov môže pritom pomôcť vystopovať zdroje lokálnych ohnísk nákazy, pomôcť vysvetliť zmeny v šírení COVID-19, či identifikovať vznik a šírenie potenciálne nebezpečných mutácií vírusu.”
“V rámci slovenských vzoriek sa nám zatiaľ podarilo v rôznych časových obdobiach identifikovať tri kmene vírusu, ktoré boli v danom čase pravdepodobne rozšírené v populácii,” dodáva doc. Broňa Brejová. “Okrem už spomínaného britského kmeňa sa u nás na jeseň vyskytol vo zvýšenej miere kmeň 20A.EU2 charakteristický vysokým počtom mutácií podobne ako nový britský kmeň, ďalej sme opakovane pozorovali deléciu v spike proteíne, ktorá sa vo veľkom množstve vyskytuje napríklad v Čechách (ale nie v Rakúsku, či Poľsku).”
Slovenské kmene v databáze NextClade
Tento výskum je sčasti financovaný v rámci grantu APVV-18-0239 (JN) a grantov VEGA 1/0458/18 (TV) a 1/0463/20 (BB), ako aj grantom č. 872539 v schéme HORIZON-2020 EÚ.