Seminár z teoretickej informatiky - Broňa Brejová (7.10.2016)

v piatok 7.10.2016 o 11:00 hod. v miestnosti M/213

---

Prednášajúci: Broňa Brejová

Názov: Izometrická rekonciliácia génových stromov

Termín: 7.10.2016, 11:00 hod., M/213

 
Abstrakt:
Na seminári predstavíme problém rekonciliácie génových a druhových stromov z oblasti bioinformatiky. V tradičnej verzii problému sú obidva stromy zadané iba svojou topológiou a cieľom je nájsť zobrazenie medzi ich vrcholmi minimalizujúce určitú mieru súvisiacu s počtom evolučných zmien. My však študujeme verziu problému, v ktorej obidva stromy majú známe aj dĺžky hrán a zobrazenie je tým jednoznačne dané. Ma et al. 2008 publikovali algoritmus na nájdenie takéhoto zobrazenia v prípade, že génový strom je nezakorenený. V našom článku poukazujeme na niekoľko problémov v tomto algoritme a navrhujeme nový algoritmus a tiež jeho efektívnu implementáciu využívajúcu niekoľko známych dátových štruktúr.

Podľa článku Broňa Brejová, Askar Gafurov, Dana Pardubská, Michal Sabo, Tomáš Vinař. Isometric Gene Tree Reconciliation Revisited, WABI2016.

web:  http://kedrigern.dcs.fmph.uniba.sk/STI2
rss:  http://kedrigern.dcs.fmph.uniba.sk/STI2/rss.php

---